Joaquín Botero fue figura en Pumas UNAM en una de las épocas más importantes de la institución. Llegó en 2003 y se fue a los tres años con cuatro títulos en su haber y un subcampeonato de Copa Sudamericana.
Su arribo al Club Universidad Nacional fue en julio proveniente del Bolivar de su país. En el primer torneo, que fue el Apertura, el boliviano disputó 17 encuentros y marcó apenas tres goles. No obstante, lo mejor estaba por venir.
En 2004, Pumas saldría campeón del Torneo Clausura y Apertura de la Liga MX, se alzaría con el título de Campeón de Campeones y sería parte del equipo que, por cierto, dirigía Hugo Sánchez, y que deslumbró al mundo al arrebatarle al Real Madrid en su propia casa, el Trofeo Santiago Bernabéu. Ese año, en total, Joaquín Botero disputó 29 partidos y marcó 14 goles.
En 2005, solo aportaría tres tantos en el plano local y uno en el 1 a 1 por la ida de la polémica final de la Copa Sudamericana en el Estadio Olímpico Universitario frente a Boca Juniors de Argentina.
Su ciclo en el Auriazul se cerraría en junio del 2006. Alcanzó la suma de 22 goles. Luego pasaría a San Lorenzo de Argentina, Deportivo Táchira de Venezuela, Correcaminos, Al-Arabi de Kuwait, San José y Sports Boys de Bolivia, este último donde se retiró en 2014.
En 2020, el máximo goleador de la historia de la Selección de Bolivia, fue tentado por el Universidad San Francisco de Asís, equipo del Municipio de Potosí, para disputar la fase interprovincial potosina. “Si hay futbolistas que a esta edad siguen jugando, por qué yo no podría hacerlo, por eso es que me animé a aceptar la propuesta”, dijo Botero, el exPumas, que se animó a volver a las canchas ya con 40 años, aunque, es cierto, en una categoría menor del futbol de su tierra natal.
